Возможно ли присутствие срытых секторов на жестком диске, которые не видны MS-DOS?

Возможно. МС-ДОС не работает с разделами более 500 Мб. Все что выше - просто недоступно.

DOS не видит NTFS. Возможно, дело в этом? Или диск слишком большого размера также может вызвать проблемы в Досе.

Таких секторов может быть масса. Во-первых, служебные секторы, во-вторых, MS-DOS просто не видит большие диски. К примеру, MS-DOS 3.30 видит диски размером не более 32 МБ, а MS-DOS 5.0 - уже 2 ГБ. Вопрос не содержит необходимой исходной информации, чтобы на него можно было точно ответить.

Да, это сектора, помеченный как bad. Соответственно, никакая ОС их не видит.

О каких "срытых" секторах идет речь? Если логический диск отформатирован в NTSC или FAT32, то из под MS-DOS 6.22 он не будет виден, а из по MS-DOS 7.0 (из состава Win98) FAT32 виден будет, а NTFS нет.