Отвечает Юрий Александрович Пейсахович:
Просто запустить установку системы на диске С. Boot.ini будет соответствующим образом изменен без ущерба для системы на диске D.
Отвечает Exl:
Действительно, диск форматировать совсем не нужно. Просто ставь винду на С. Потом boot.ini надо будет снова редактировать.