Что за предупреждение выскакивает: «16 разрядная подсистема Windows». Раньше такого не было.

Если далее говориться о файле autoexec.nt или config.nt - то этот файл поврежден или отсутствует. Информацию о восстановление смотрите в оригинале - http://support.microsoft.com/?kbid=324767 или у меня на http://comprad.narod.ru/XP/dosfiles.html.

Было такое, проблема оказалась в том, что куда-то делся файл AUTOEXEC.NT из каталога system32, после его установки на место всё исчезло

Держу в архиве autoexec.nt и config.nt и при появлении \"16 разрядная подсистема Windows\" распаковываю в System32 autoexec.nt и config.nt.