Исчезнут ли файлы из папки «Мои документы» при переустановке Windows МЕ на ХР? Если да, то как этого избежать?

Конечно исчезнут, сразу переноси на какой-нибудь носитель (CD, флешку или флоппи, можно на другой логический диск).

Если имеется несколько локальных дисков, хотя бы два C и D, создай на диске D папку, например Мои доки, на рабочем столе щелкни правой кнопкой мыши по папке Мои документы, выбери свойства, нажми кнопку Переместить (точно не помню Найти или Переместить, что-то такое) и найди папку Мои доки, что на диске D. Потом все, что в папке Мои документы, которая на диске С, перемести в папку Мои доки на диск D. Второй вариант. Загрузись в DOS, удали папки Windows и Program Files и переустанавливай систему спокойно.

При правильной установке Windows XP поверх ME файлы будут автоматически перемещены в бэкап и потом вернутся в Мои документы (находятся в другом месте по сравнению с 98/МЕ). Не забудьте также задать архивацию системы - будет дольше, но безопаснее.

Перед переустановкой надо скопировать все нужные файлы в другую папку, например, "Работа" и не использовать папки, предлагаемые Windows по умолчанию.

Если под переустановкой подразумевается обновление, то нет. Иначе возможно.