При выключении компьютера происходит его перезагрузка. Стоит win 98.

Переустановите Windows 98 (извините, но по той информации, которую вы дали в вопросе, ничего более конкретного посоветовать нельзя).

Со мной такое случилось. Много чего перепробовал, но помогло только восстановление системы по-кишиневски.

На сайте Windows Update я когда-то нашел утилиту, связанную с проблемами при выключении/запуске.

У меня вылечилось выключением fast shutdown в реестре: HKLM\System\CurrentControlSet \Control\ShutdownFastReboot="0" Если не помогло, то попробуй то, что указано здесь http://support.microsoft.com/kb/q238096/