У меня две системы: 98 и ХР. Когда запускаешь 98, не появляются ярлыки, есть только картинка на рабочем столе.

Возможно, что-то изменило параметр реестра. Зайди в Win98 в реестр и посмотри ветку: [HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ Policies\Explorer\RestrictRun]. Параметр скрывает все элементы и программы на Рабочем столе Windows: "NoDesktop"=dword:00000001. Установи в ноль.

Windows 98 надо запустить в безопасном режиме с пошаговым подтверждением, тогда может быть, станет ясно, откуда ошибка.