Диск разбит на два логических: один NTFS (установлена ОС Win ХР), второй FAT32 (Win 98). Как сделать оба диска в формате FAT32?

Использовать программу PartitionMagic.

С помощью утилиты ntfsdos.sys можно заставить Windows98 видеть тома NTFS.

Если вы можете загружать обе системы, то у вас загрузка идет с диска С, где находится система 98, загрузчик и boot.ini XP. Каталоги XP на диске D (NTFS). Из Win98 вы можете отформатировать диск D в fat32 и переустановит XP из Win98 (как он и был установлен вначале - других вариантов нет). Только не изменяйте ничего на диске С. А оба раздела (вы их называете логическими дисками) не могут быть такими. Диск С это первичный раздел, а D логический диск в дополнительном разделе. Загрузка любой системы Win происходи только из первичного (загрузочного) раздела.