Отвечает Alexey:
Естественно, если Windows ставится на чистый диск то тут все ясно - SP там как не было до инсталляции, так они там ниоткуда не возьмутся. Если же ставить новую поверх старой, то тут те же проблемы - новые файлы из SP затрутся старыми версиями из дистрибутива.