Касперский 6.0 с обновленной базой не находит вирусов, но судя по поведению компа, они есть, скорей всего руткиты. Какой прогой их лучше всего искать?

Попробуйте AD-Aware Spybot, Search and Destroy, GIANT Anti-Spyware

Вообще-то Касперский 6.0 должен руткиты отслеживать, но попробуй вот это: AVG Anti-Rootkit.

Ещё: AVG Anti-Rootkit, BitDefender RootkitUncover, McAfee Rootkit Detective, Norman Malware Cleaner, RootKit Hook Analyzer, RootkitRevealer, Trend Micro RootkitBuster, также антитрояны (внедрённый троян трудно обнаружить).

Лучше всего прогой AVZ4. Антивирусная утилита AVZ является инструментом для исследования и восстановления системы, и предназначена для автоматического или ручного поиска и удаления:• SpyWare, AdvWare программ и модулей (это одно из основных назначений утилиты);• Руткитов и вредоносных программ, маскирующих свои процессы• Сетевых и почтовых червей;• Троянских программ (включая все их разновидности, в частности Trojan-PSW, Trojan-Downloader, Trojan-Spy) и Backdoor (программ для скрытного удаленного управления компьютером);• Троянских программ-звонилок (Dialer, Trojan.Dialer, Porn-Dialer);• Клавиатурных шпионов и прочих программ, которые могут применяться для слежения за пользователем;AVZ, (C) Зайцев О.В., http://z-oleg.com/secur/avz/

Попробуй антивирус NOD32. У меня было так, что Касперский не находил, а NOD32 нашел вирусы, и не один.

Одной из лучших на данный момент для выявления руткитов является RkUnhooker, которую можно найти на http://rkunhooker1.narod.ru/.