Установил две программы Ad-Avare SE Personal и Spybot-Search. Скажите, пожалуйста, они не будут конфликтовать? Или надо оставить только одну? Если да, то какую?

Не будут, работай спокойно.

Не будут – они ж у тебя не висят постоянно в системе, а включаются только при запуске самой проги. У меня вообще 3 подобных стоит, прекрасно работают - и каждая удаляет что-то свое - они почему то частично не видят часть файлов, которые видят 2 другие проги. У меня стоят XoftSpySE, Spybot - Search & Destroy-SpybotSD.exe, Ad-Aware SE Professional.