Отвечает Shurovik:
Если оба диска в одной файловой системе (FAT32 или NTFS), то вам нужна программа Partition Magic 8.x. В ней надо выбрать действие Merge. При этом один диск (можно выбрать, какой) станет папкой на втором.
Отвечает Forward:
В Partition Magic есть пункт для слияния разделов. Нужно, чтобы эти разделы находились в одной файловой системе, и, если это FAT32, чтобы их суммарный объем не превышал 40 Гб.