Отвечает Misha hm:
Ставьте поверх, не удаляя версию 1.1.
Отвечает Shurovik:
Запустите инсталлятор, а он сам подскажет.
Отвечает _sv_:
Microsoft .NET Framework - тот редкий случай, когда можно спокойно ставить все "поверху". Вопрос в том, что некоторые приложения требуют версию 1.1 при установленной версии 2, т.е. не следует ожидать, что все, что работало под 1.1 будет работать и под 2.