Отвечает Alexeyslav:
Не парься, не так уж и нужен этот перехват закачки, в большинстве случаев вполне достаточно перетащить ссылку на качалку и она автоматически добавит её в задание, либо настроить перехват ссылок из буфера обмена.
Отвечает Хайлов Константин Юрьевич:
Можно помирить их так: в обоих менеджерах отключите слежение за буфером обмена и в свойствах интеграции установите каждый менеджер на какой-либо обозреватель. Например Flashget интегрируется только в IE, а DM в Opera.