Посоветуйте программу проверяющую целостность и работоспособность файлов в папке или архиве (в основном EXE-файлы).

System mechanic 5.0a

Win Rar - архиватор.

В папке - в принципе, проверить не возможно, если только сравнивать с заведомо целой копией. Откуда эта гипотетическая программа может знать, что это должно быть? Со сравнением файлов справится какой-нибудь Total Commander / FAR. В архиве - команда Test хороших архиваторов (WinRAR, например). Но здесь достоверность зависит от типа архива и предположения, что исходные файлы были в норме.

Открой архив в винрар, команда тест - и он сверит эсэрси, ошибку не пропустит.