Я хочу записать диск с презентацией и несколько папок. Как сделать, чтобы при открытии диска автоматически началась презентация, а потом можно просмотреть папки с файлами?

Все зависит от того, какой программой Вы создаете презентацию. Так или иначе создайте презентацию, и с помощью утилиты конвертации файла презентаций переконвертируйте файл в флеш-анимацию или в видео и пишите на диск. В корень диска положите файл autorun.inf, а что в него писать - можно подсмотреть на диски с игрушками.