На компе 2 HDD SATA (раньше проблем не было). На одном стоит ОС WIN XP SP2. Через WIN, было сделано полное форматирование второго диска. В BIOS диски определены оба. В настоящее время WIN виснет во время загрузки. И в проводнике не всегда виден второй диск, бывают случаи когда он вдруг появляется (D). В управлении дисками, он тоже — то

Программы для проверки HDD (лучшие из них) в основном на английском. Из прочих программ рекомендую для проверки диска MHDD, она умеет многое. Статьи по использованию MHDD есть, и были, кажется на izcity.com. Воспользуйся поиском. А для твоего случая, попробуй сначала проверить блок питания, может он не тянет 2 HDD, вот и пропадает один из них и виснет. Проверь также, плотно ли сидят шлейфы SATA и питания на HDD.

Могу ошибаться, но по моему, дело просто в плохом контакте проводов на втором HDD.

Дело может быть в дешевых проводах. У них часто контакт пропадает. Попробуй качественные провода SATA.