Материнская плата Nforce 2 400 Support. Сможет ли она определить винчестер на 200 Гб?

Сможет, но на всякий случай обновите версию БИОС. Не забудьте, также, что Win 98 не работает с большими разделами - ставьте Win 2000 или WinXP SP1 (2) и не забудьте про 48-bit LBA.

Файловая система NTFS видит несколько терабайтов.

Все зависит от версии BIOS. Посмотрите на сайте производителя материнской платы - если в последней версии BIOS есть поддержка BigLBA 48-bit, то скачивайте и прошивайте его.