Отвечает Alexey:
Вирус установил в системе "обработчик" EXE файлов, а антивирус его удалил - поэтому ничего и не запускается. Будут запускаться файлы, которые запускаются помимо этого обработчика. Посмотрите в типах файлов расширение EXE и если оно есть - удаляйте.