Отвечает Юрий Александрович Пейсахович:
Удаленные файлы хранятся в скрытой папке Recycler. Ей можно задать меньший размер в свойствах корзины. Потом много места занимают точки восстановления. Если запретить восстановление системы, то можно удалить файлы в скрытой папке System Volume Information.
Отвечает Михаил:
При удалении с помощью "Add/Remove Рrograms" нужно выбрать опцию с удалением файлов. Некоторые файлы удаляются после перезагрузки, и некоторые могут таки остаться в папке C:\Program Files\Имя папки программы (обычно совпадает с именем программы, или же с именем компании - производителя программы). Также файлы, созданные программой могут находиться в папке C:\Common Files\Имя программы, а также в профиле пользователя: C:\Documents and Settings\Имя пользователя\Application Data\Имя программы.
Отвечает therodactel:
Поставьте себе Your Uninstaller. Удаляет все и даже чистит реестр.