Можно ли удалить файлы с расширением *.chk или их лучше не трогать?

Обычно их удаляют. Это "потерянные кластеры" файловой системы диска, которые программа chkdsk преобразует в файлы при проверке и исправлении ошибок диска. Если установлена файловая система NTFS, они не образуются.