Отвечает Геннадий:
В папке I386, файл winnt32.exe (при запуске из Windows) или winnt.exe (при запуске из DOS).
Отвечает Forward:
Лучше всего не устанавливать систему поверх существующей - к новой системе перейдут все глюки старой. Загрузитесь с диска Windows и установите Windows на чистый диск.
Отвечает Markiz:
Запуск из Windows - всего лишь запуск инсталлятора, а устанавливать можно и поверх, и вместо. Это оптимальный вариант при установке с не загрузочного диска.