Чтобы восстановить Windows XP, пришлось поставить вторую. Как теперь полностью и безопасно удалить вторую копию (она стоит не поверх, а в другой директории)?

Если вторая Windows стоит на одном и том же диске, то удалять папку Program Files не стоит! Потому как она используется обоими системами. Удаляйте только не нужную систему.

Войти в свойства системы - Дополнительно - Загрузка и восстановление системы - Параметры. Там выбрать нужную систему, загружаемую по умолчанию, снять птичку "Отображать список операционных систем". После этого ненужную копию Windows и папку Program Files удалить вручную.

Если вы уже решили радикально менять систему, то не стоило ставить "поверх". Во-первых, потому что XP так не по ставится. Будут две системы в одном томе. Удалите сначала старую систему. Рекомендую воспользоваться ERD Commander. Данная система позволит почистить тома с NTFS без их форматирования, и вообще пролечить убитую XP.

В BOOT.INI в двух строках указывающих на папку "второй" XP замените название папки на "первую" XP. Сохраните. Перезагрузитесь. Если все сделано верно, и первая система у Вас жива, то загрузится именно она. Теперь можно смело убивать вторую систему и дубликаты папок в Doc&Settings - те что с точками в имени.

Кроме всего вышеперечисленного. Можно попробовать использовать утилиту DustBuster. Которая уберет "лишнею" систему. Не трогая основных программных "общих" файлов.