Windows XP часто теряет свои системные файлы. Жесткий диск в полном порядке, Windows тоже. Что посоветуете делать?

Раз теряет, значит кто-то их удаляет. Проверьтесь на вирусы и поставьте пароль на вход в систему.

Попробовать преобразовать файловую систему в NTFS.

1. Проверьте память. 2. Проверьте HDD, шлейфы.

Просканировать антивирусной программой; если FAT32, то convert в NTFS; проверить диск на наличие "битых" секторов, например, NortonDiskDoctor'ом.

На вирусы не мешает проверить, так же некоторые игрушки с пиратских дисков очень любят в Windows|system32 записывать всякие левые файлы, после чего винда ругаться начинает.