Можно ли конвертировать FAT32 в NTFS на системном диске из-под рабочей Win XP SP2?

Partition Magic с этим хорошо справляется, а средствами Windows я бы этого делать не стал, слишком много у него глюков.

Можно, конечно. Наберите команду "convert c: /fs:ntfs". Но учтите, что само преобразование произойдет только после перезагрузки компа.

Конвертация всегда происходит без потери данных и не под загруженным Windows, а после перезагрузки.