На компьютере есть две учётные записи. Когда я устанавливаю у себя игру или программу, то её ярлык появляется в другой учётной записи, то есть при смене пользователя. Вопрос: Что нужно сделать в реестре или где-нибудь ещё, чтобы убрать ярлыки?

Перенести этот ярлык из папки All users\Desktop в свою.

Папка Documents and Settings на системном диске - там все есть. Папки с именами пользователей и еще одна, All Users, содержат каждая подпапки: Рабочий стол и Главное меню. Программы и игры пихают ярлыки в All Users/Главное меню, откуда их надо переместить в папку [ваше_имя]/Главное меню, точно так же и с Рабочим столом.

Просто нужно переметить ярлыки программы из папки \Documents and Settings\All Users\Главное меню\Программы в соответствующую папку нужного пользователя.