После антивирусной проверки был удален системный файл, при включении комп пишет, что он ему, мол, нужен как восстановить этот файл?

sfc /scannow.

sfc /scannow, только смотрите, какие файлы необходимо восстанавливать, а какие нет. Возможно файл, который спрашивает windows ей самой и не нужен, а нужен какой-либо удаленной программе (или вирусу).