Установлена была система XP Professional SP1, решил обновить с диска до SP2. В процессе установки на запрос куда установить указал ту же папку, где стояла прежняя система. При сканировании дисков выдало: «Недостаточно места на диске или установочный диск поврежден», при нажатии «повтор» старая система была успешно удалена.

Попробуй назначить - Восстановление системы.

Вам надо было запускать систему в режиме обновления, а не как новую установку, если вы хотели обновиться... Теперь остается устанавливать ОС с нуля. Если у вас диск Windows XP SP2 с нормальным загрузчиком, то он работает с NTFS и позволит вам отформатировать раздел. Иначе придется удалить раздел, создать его заново и отформатировать в FAT32 старыми добрыми средствами - fdisk/format.