Как можно избежать при загрузке системы появление синего экрана с сообщением о том, что …/system32/autochek не может найти какой-либо файл (файла действительно нет)?

Распаковать этот файл из дистрибутива системы и поместить его на место!

Вообще-то это нормальное явление - это сообщение о том, что при загрузке системы не производится её проверка (skip autocheck). По-моему, такая картина происходит при установленной Partition Magic.

При работе с Partition Magic, у вас скорей всего работа закончилась некорректно, поэтому совет, если конечно на диске нет данных, которые не хотелось бы терять, отформатировать, и установить винды заново.