Не удается удалить некоторые папки — содержимое удаляется (иногда нет), выскакивает окно с: «Не удается удалить папку. Папка не пуста» или «Не удается удалить Thumb.db. нет доступа». Приходится оставлять папку (уже пустую) до следующего запуска ПК и затем спокойно уже удаляется.

В Проводнике, в Свойствах папки, закладка Вид поставьте галку в пункте "Не кэшировать эскизы" - файлы Thumb.db в папках с рисунками появляться не будут.

Thumb.db - это кэш рисунков Windows XP. Можно запретить кэширование эскизов через меню папки Сервис - Свойства папки - вкладка Вид, тогда эти файлы создаваться не будут.

И не будет удаляться. У тебя в папке имеются скрытые файлы (тот же thumbs.db, например), которые создаёт Windows при работе и которые при перезагрузке удаляются, позволяя удалить папку. Лечится включением показа скрытых файлов в свойствах папки, которую собираешься удалить, либо использование альтернативных файловых менеджеров (Total Commander, например).