При выборе Start — Программы — … пропал перечень всех выбираемых программ, поэтому приходиться открывать все программы через Проводник.

Вы или кто-то еще удалили папку \Documents and Settings\User_name\Главное меню\Программы (для локального пользователя) и \Documents and Settings\All Users\Главное меню\Программы (для всех пользователей), где лежали ярлыки на программы. Теперь остается только создавать в этих папках нужные подпапки и ярлыки вручную.