Что-то удалил в реестре, теперь после перезагрузки выходит предупреждение «Ошибка инициализации приложения, код (0хс0000135)», как найти это приложение или избавиться от этой ошибки?

Посмотрите в Журнале событий, какое приложение вызывает ошибку (Панель управления - Администрирование - Просмотр событий). Посмотрите Автозагрузку (Пуск - Выполнить - msconfig, вкладка Автозагрузка) и отключите загрузку ненужных приложений.