Как запаролить отдельные папки, чтобы доступ в них был только для одного пользователя?

NTFS + редактирование прав доступа.

Для начала, диск должен быть отформатирован в NTFS. В Свойствах папки, вкладка Вид, отключите "Использовать простой общий доступ к файлам". После этого в Свойствах папки появится вкладка "Безопасность", где вы сможете раздать права на доступ к папке, а на вкладке "Общие" - включить шифрование данных. Только учтите, если система слетит - после переустановки доступа к зашифрованным данным вы больше не получите.

Если у тебя ХР, то установи Hide Folders XP v.1.1 RC - можешь спрятать хоть весь рабочий стол!, а сам значок программы найдешь через Пуск>Все программы + установишь пароль.