Для чего нужна папка Windows NT?

Поскольку Windows XP по умолчанию устанавливается в папку Windows, то значение этой папки можете знать либо вы сами, либо тот, кто ее создал (может быть, в этой папке лежит дистрибутив ОС, обновления или дистрибутивы?)

Для системных файлов.

Если в корне то неправильно установил какойто Софт. Если в Windows то там дрова с древнего Софта (для нормальной работы). А в Progr.Files там обычно Pinball, HiperTerm и др. удаление ни чем страшным не грозит (скорее всего нужно для разного дополнительного Софта).