Стоит XP SP2, постоянно исчезают файлы autoexec.nt и autoexec.bat . Установлю, все работает, перегружаюсь, и этих файлов нет.

На вирусы надо проверить систему.

Может это последствия работы какой-либо программы очистки от "мусора" системы.

autoexec.bat так же как config.sys в нт-системах изначально заменен на те же файлы, только с расширением .nt , т.е. autoexec.nt и config.nt и хранятся они в отличие от Win9х не в корне системного диска, а в %SystemRoot%\system32\ ... может не там их пасешь? Ну и как вариант попробуй их восстановить в указанном каталоге и отключив систему восстановления, перезагрузиться, а затем опять активировать систему восстановления. Проверив есесенно наличие этих файлов и в том и другом варианте. Если эффект одинаков, значит это кому-то нужно :)