При одной и той же конфигурации компа в одном случае XP выключается быстрее, а после другой установки XP комп выключается дольше. Дистрибутивы разные.

Может, потому, что один из компов подключён в сеть. В общем,дистанционно определить очень тяжело.

Значит, причина в дистрибутиве. Один из них "кривой" либо в него интегрировано нечто, зависающее при завершении работы.

Тут свою роль могут играть и настройки операционок: чисткафайла подкачки и другие, а также какой раздел диска они занимают - скорость чтения и записи в разных местах диска разные.

Версии дистрибутивов разные + разные драйвера + разный реестр.