В Windows XP + SP2 через некоторое время (примерно пару месяцев) начинает жутко тормозить жесткий диск. После удаления контроллера ЖД, функция PnP его обнаруживает, но Primary и Secondary контроллеры не устанавливает. Заявляет о несовместимости оборудования.

Убедитесь, что у вас установлены драйвера для чипсета вашей материнской платы.

А драйвера на контроллеры от материнки ты ставил?

Если у тебя нет выбора, забудь про XP SP2, возвращайся в Win2000. Там такого маразма нет. Дело в том, что SP2 серьёзно изменил свою архитектуру по сравнению с SP1. Если есть выбор, переходи на Linux - там у тебя будет большой выбор - это первое. Второе - глюконутая Винда никогда не станет нормальной. Третье - в Linux-е приятней работать.