Как отформатировать жесткий диск с NTFS системой на ноутбуке? Загружаюсь с загрузочного диска, перехожу на диск C, а он мне пишет содержимое не моего С диска, а содержимое каких то сис. папок.

Абсолютно ничего не понятно. С чего вы загружаетесь (с дискеты, с жесткого диска, с CD/DVD)? Какой жесткий диск собираетесь форматировать? Скорее вы загружаетесь в системе ДОС, поэтому не узнаете свои папки. Когда вы задаете не очень ясный вопрос, тем более касающийся форматирования, то трудно ответить.

Программой fdisk.exe с загрузочной дискеты удалить разделы, затем при установке системы выбрать тип файловой системы, в которую будет выполнено форматирование диска.

Не заморачивайтесь, а просто снесите весь раздел. А потом снова создайте.