Отвечает Serg:
Но зато FAT32 быстрее процентов на 20.
Отвечает Михаил:
И NTFS меньше фрагментируется, и имеет встроенные средства безопасности, в т.ч. шифрование.
Отвечает Shurovik:
Отличаются они строением. И NTFS поддерживает большие файлы (размером более 4 ГБ). И имеет бОльшую отказоустойчивость по сравнению с FAT.
Отвечает Virus:
Если слабый комп, то лучше FAT32, а если мощный - то лучше NFTS.