Каким образом можно отключить автозапуск CD-ROM, но при этом оставить автозапуск тех дисков, которые содержат AUTORUN.INF ?

Свойства CD rom'a - автозапуск для всех типов файлов ставь "не выполнять никаких действий".

В файл Autorun.inf может быть превосходно внедрен вредоносный код, который запускается вместе с полезным содержимым, копирует себя в реестр, устанавливает себя в корневые директории всех носителей. Излюбленный способ распространения - через флешки, но встречал и на CD.