Почему через некоторое время перестают запускаться некоторые проги и фалы типа *ехе?

Вирус перехватывает обработчик типов файлов. В частности, он прописывает себя прогой, которая открывает файлы типа EXE. Антивирусник убивает вирус, а связь остается... Винда не ведает, что EXE файлы исполнимые, она видит, что в реестре сопоставлено с этим типом файлов приложение и пытается его запустить, а его нет. В этом режиме ошибки не выводятся.

Скорее всего вирус. Было у меня такое - почти все файлы типа EXE не запускались - это лечится.