На компе 2 HDD. Установлены на разных две ОС Win98 и WinXP SP1. Когда стояла оперативная память 512 Мб все системы работали нормально. После установки еще 1 Гб памяти (две линейки по 512 Мб) Win98 перестал грузится.

Windows98 не будет правильно работать с объёмом памяти >512 Мб.

Windows 98 не работает корректно с памятью больше 512М. Подправьте в файле system.ini параметры: [VCache] MaxFileCache=128000 и [386Enh] MaxPhysPage=40000. Это ограничит используемую память. У Windows Millenium будут те же проблемы, так как это тоже ОС семейства Win9x.

Не работает Win98 с таким объемом оперативной...

Известно, что 98-я может некорректно работать с памятью более 512 МБ. А у вас её в три раза больше. Придётся программно ограничивать объём памяти для 98-й.

Попробуйте её переустановить, но врядли она запустится!

Windows 98 поддерживает RAM до 1 Гб.