Отвечает Alexey:
Просто msconfig хранит удаленные записи в немного другом ключе реестра с именем толи "run_disabled", "-run" или как-то еще, нужно просто удалить ту ветку в реестре (лишнюю).
Отвечает TU-154:
C:\WINDOWS\SYSTEM\STIMON.EXE - быстрый запуск для сканера, можно отключить; LoadPowerProfile - схема управления питанием, таких записей обычно две - можно оставить одну или отключить, если не используете режиме энергосбережения; Rundll32.exe powrprof.dll - тоже профиль питания какой-то, отключайте. LoadCurrentPwrScheme - аналогично. Чтобы удалить лишние записи, выполните в реестре поиск по ним (не помню уже, где это в Windows 98) - вы быстро найдете нужный раздел.
Отвечает HAL:
У меня пожизненно в 98 винде в автозагрузке только internat.exe и systray.exe. Всё необходимое запускаю сам. P.S. Там могут засесть "невыключаемые" приложения - это или приложения управляющие хардом (у меня сидит драйвер звуковой карты).
Отвечает Abell:
HKCU и HKLM, далее \\Software\\Microsoft\\Windows\\Current Version\\Run и RunServices.