Отвечает TU-154:
Проблема явно в том, что у вас был вирус, исполняемый файл которого назывался WINDOWS.EXE, и который проассоциировал себя с bat-файлами (и наверняка с некоторыми другими исполняемыми тоже). Теперь вирус был удален (антивирусом, наверное), а запись на его запуск при открытии батников в реестре осталась. Посмотрите, что у вас в разделе реестра HKEY_CLASSES_ROOT\exefile\shell\ open\command, параметр (По умолчанию). Там должно быть записано: "%1" %*.
Отвечает kanish:
Переустанови Windows.