Отвечает Жариков Игорь:
Дать Windows возможность видеть NTFS можно с помощью прогиNTFS4DOS.
Отвечает Геннадий:
Скорее всего XP загружается с логического диска, а его WIN98 пытается увидеть. Надо установить BootMagic, а в PartitionMagic сделать диск для XP основным разделом и переустановить XP. В BootMagic для win98 сделать XP невидимым. А прога ntfs-dos ничего не даст. Окошко предупреждения не уберется.