Отвечает Андрей Дедов:
Просто зашифруй необходимые файлы из-под необходимой системы. Напоминаю, что шифрование файлов на FAT не поддерживается, необходимо наличие NTFS. И то, что если та система, из-под которой файлы зашифрованы, слетит, ты их никогда не расшифруешь.