Как можно скопировать папки с сервера Windows 2000 на сервер Windows 2003, сохраняя все права доступа и шаринги (оба находятся в том же домене)?

Может, так: делаешь новый сервер дублирующим, а через пару дней удаляешь старый, а новый делаешь основным.

Права переносятся при копировании far-ом, только нужно выставить соответствующий флажок. Шаринги в этом случае придется создавать.

Тоже самое можно сделать используя Total Commander, при копированиии включить галку (т.е. после того как нажали F5), появиться окно, внизу этого окна ставим галку и наслаждаемся копированием папки с правами, только для выполнения данной функции необходимо иметь права админа(думаю кто задает данный вопрос данные права имеются).