Скопировал со старого HDD 40 Гб на новый HDD 160 Гб всю информацию с помощью программы HDClone. Система определяет новый винт, как 40 Гб. Как сделать, чтобы система увидела остальные 120 Гб?

Правильно, HDClone тебе и создала клон, полную копию старого раздела, оставшаяся часть диска ей для этого не понадобилась. Зайди в пуск\панель управления\администрирование\управление компьютером\управление дисками, найди в списке или на диаграмме неразмеченную область, через контекстное меню создай сначала там раздел (один на все свободное место или несколько, если укажешь при создании первого меньший размер), а затем его там же отформатируй.

Возьмите Partition Magic и раздвиньте границы диска на полную емкость. Ведь после клонирования раздела новый раздел равен старому.