Если я закачиваю одну и ту же программу FlashGet’ом в Internet Explorer и/или в Опере, то будет ли разной скорость закачки? Или скорость скачивания (и затраченное время) определяется не типом браузера, а свойствами самого менеджера загрузки ?

Скорость закачки больших файлов типа программ, музыки и т.п. зависит только от качества соединения и количества потоков. Соответственно браузеры способны качать только в один поток, соответственно, если при этом канал используется на 100% то смысла в многопоточности нет и скорость будет одинакова. Но в случае, если скачиваешь её с сайта, который очень загружен, тут возможны два варианта - сайт не сможет отдавать в вашем направлении полную скорость (ограничение где-то на промежуточном роутере) в этом случае многопоточность тоже не поможет и второй вариант - на сайте ограничена скорость каждого соединения, тогда в этом случае многопоточность (скачивание при помощи качалки) поможет, но не стоит ставить сразу 5 или 10 потоков - многие сайты могут отдавать только до нескольких потоков на IP и во вторых, при некоем числе потоков опять возникнет ограничение по скорости, где-то по пути, и соответственно смысла от большего количества потоков не будет. Следует сказать еще, что браузеры докачку обычно не поддерживают, или требуют для этого дополнительных действий, вроде вмешательства пользователя, по этому критерию - качалки самый удобный способ скачивания файлов с медленных и нестабильных сайтов.