Пытаюсь удалить программу из автозагрузки. Не могу её найти в реестре, в автозагрузке есть, а реестре нет. Оповещение “Файл не найден” при включении компьютера уже надоело.

Воспользуйтесь программой Starter, как я заметил, она корректнее других работает с автозагрузкой и процессами. Имеет много возможностей. Её не надо инсталлировать, маленький размер, поддерживает Русский язык. Поищите через поисковик.