Отвечает Виктор:
Из FATа в NTFS можно конвертировать безболезненно, а вот на оборот – не получится. Скорее всего, информация потеряна, попробуйте поюзать специализированный софт для восстановления.
Отвечает Марк:
На маловероятный случай, что эти папки остались в NTFS, попробуй посмотреть их с помощью программ, типа ntfsread. Там практически 1 файл - ntfsread.exe, который можно записать на загрузочную дискету и попробовать посмотреть. Или подключи свой хард в другой комп с NTFS, как слейв и попробуй посмотреть оттуда.